No século XVIII, a Ilha do Mel por sua localização estratégica era considerada de vital importância na defesa do Porto Dom Pedro II, um dos mais movimentados do país já na época.

Por ordem de Dom José I, foi construída em 1767 a Fortaleza de Nossa Senhora do Prazeres ou Fortaleza da Barra, com o objetivo de garantir a segurança da região e do porto por onde eram embarcados produtos extraídos do continente, como a madeira, erva-mate e o ouro.

Em 1850 aconteceu a batalha contra o vapor de guerra inglês Cormorant que aprisionou  3 naus brasileiras carregadas de escravos. Os canhões da fortaleza cuspiram fogo e o evento ficou conhecido como “Combate Cormorant” .  Da fortaleza restam apenas ruínas hoje tombadas pelo Patrimônio Histórico.

Do alto do Mirante da Fortaleza que se atinge por trilha com pedras centenárias e vegetação exuberante, visualizam-se ainda os canhões apontados para a entrada da baía.

Em 1872 foi erguido o Farol das conchas, por ordem de Dom Pedro II, com a finalidade de orientar os navegadores da região. O Farol é todo feito em ferro fundido e considerado uma das grandes obras de engenharia da época. Sua escadaria com centenas de degraus levam a um dos mais belos locais de nosso litoral, que proporciona visão a todo a região e serra do mar.

A  Gruta  das Encantadas está envolta em lendas   e   histórias  fantásticas.  É  uma cavidade   natural,   ao  nível   do mar, localizada ao sul  da ilha. Guarda segredos  ainda envoltos  em  mistérios. Diz a lenda que  lindas  mulheres,  em  noite  de luar, apareciam e com sua beleza e seus cantos sedutores, encantavam  os visitantes que, andando distraidamente    pela     praia, aproximavam-se da gruta e desapareciam misteriosamente para sempre.

Em 1992 durante a Conferência ECO 92 realizada no Rio de Janeiro, a ilha foi elevada a condição de Reserva da Biosfera, preservando assim as belezas naturais, fauna e flora da região, sendo a sua administração entregue ao Instituto Ambiental do Paraná – IAP.

Visando a conservação deste patrimônio, algumas restrições foram impostas. Foi necessário disciplinar o acesso à ilha, através de um cadastro. Atualmente existe restrição quanto ao número de visitantes, limitando-se em 5000 pessoas simultaneamente. O camping fica restrito a locais determinados e as autoridades fiscalizam com rigor qualquer atitude que venha comprometer o equilíbrio ecológico do lugar.

Pelo Governo do Estado foi instituído o Programa Baía Limpa, que visa recolher todo o lixo produzido na região e em troca cada família envolvida no projeto, recebe um salário mínimo ou uma cesta básica.